运动健康学院成立已有24年，前身为“基础课部”、“运动人体科学系”、“运动健康科学系”。
1996年3月，经省体育局、南京体育学院批准成立基础课部，承担我院高等教育的所有生物专业理论课程和部分公共基础课程的教学任务。

1998年9月，为适应社会发展的需求，在充分论证的基础上（经苏教高[18号]文件批复），在江苏率先开设了运动人体科学专业（体育保健康复方向），招收四年制（文理兼收、本二线录取，可授理学学士或教育学学士学位）的本科学生。
1999年9月，院运动人体科学专业获硕士学位授予权，开始招收全院第一个专业的硕士研究生。
2001年9月，开设社会体育专业，并招收了第一届本科学生。
2002年7月，基础课部改名为“运动人体科学系”，同时将体育社会科学教研室、中外文教研室，以及社会体育专业划归体育系管理。运动人体科学系设有体育生物科学教研室、计算机心理教研室、运动人体科学实验室、办公室。

2009年9月，开设第二个专业——运动康复与健康专业（理科本二线录取，授理学学士学位），并招收了第一届本科学生。至此，本系连同运动人体科学专业（改为理科本二线录取，授理学学士或教育学学士学位），已管理和承担了两个本科专业的教育教学任务。
2009年12月，运动人体科学系更名为“运动健康科学系”。设有：运动人体科学教研室、运动康复与健康教研室、信息科学与心理教研室、运动人体科学实验室、办公室。

2013年，率先在全国体育院校中开办医学技术类专业及我院第三个专业——“康复治疗学专业”。

2019年4月，运动健康科学系更名为“运动健康学院”。设有：运动人体科学系、运动康复系、康复治疗学系、办公室、学工办。

运动健康学院始终践行我校“三位一体”（教学、训练、科研）的办学模式，凝练出全院师生的院风——“融学训研、求知信行”。

“融学训研”是理念，“学”为科学、文化、社会等，“训”为竞技训练、体育教育和大众健身，“研”为科学研究与探索，“融学训研”就是把学习、运动、研究三者有机地结合起来，互相促进和提高；

“求知信行”是实践，“知”指的是学习知识的能力和方法，“信”指的是追求目标的信念和动机，“行”指的是学习知识、追求目标的行为和行动，“求知信行”就是明确目标，刻苦学习和创新实践，努力实现人生的理想。